在白皮书中引入的 S3 对象系统的核心是，（S3）方法是遵循 GEN.CLS 命名约定的普通函数（以 GEN.default 作为最终后备）。在这个对象系统的初始 R 实现中，这些方法是在调用泛型的环境（和所有封闭环境）中搜索的。
随着命名空间的出现（参见 Tierney (2003)，“R 的名称空间管理”，R News，3(1):2-6），通过 NAMESPACE 文件中的 S3method() 指令注册 S3 方法的机制被添加进来。使用 S3method(GEN, CLS) 或 S3method(GEN, CLS, FUN) 分别为函数命名，GEN.CLS 或 FUN 无需导出即可分派。使用后者（3 个参数）指令可以绕过 GEN.CLS 命名约定。注册中使用的泛型是“从包中看到的”，因此需要在加载命名空间时提供。此注册机制适用于所有包（因为它们都有一个命名空间），但不适用于脚本代码（包外部）。
最初，只有在调用环境中找不到合适的方法时，才会查询 S3 注册表。基本方法传统上都遵循 GEN.CLS 命名约定，因此未注册，因为它们可以在 .BaseNamespaceEnv 中找到，作为包命名空间环境的静态部分的最后一个元素，因此位于从全局环境（.GlobalEnv，用户的 workspace）开始并以基本环境（.BaseEnv）结束的搜索路径之前。但是，所有已注册的方法都可以在附加包中被 GEN.CLS 导出（在注册表之前的搜索路径上找到）所掩盖。为了使 S3 查找更加安全和高效，在 R 3.5.0 中进行了更改，以便在调用环境的顶级环境（参见 ?topenv）之后使用注册表。同时，基本中的所有 S3 方法现在也已注册。
自 R 3.6.0 起，NAMESPACE 中的 S3method() 指令也可用于执行延迟 S3 方法注册。使用 S3method(PKG::GEN, CLS, FUN) 函数 FUN 将仅在加载 PKG 的命名空间时才注册为包 PKG 的类 CLS 和泛型 GEN 的 S3 方法。这可用于处理不需要“立即”的情况，并且为了执行立即注册而必须预先加载 pkg 的命名空间（及其所有强依赖项）被认为“代价太大”。
自 trunk 中的 c76951（于 2019-08-10 提交）以来，有一个 .S3method() 函数用于在脚本中注册 S3 方法。同样，这允许以不同于 GEN.CLS 的名称注册方法。
通过所有这些注册增强功能，不再需要通过搜索路径（位于 .GlobalEnv 和 .BaseEnv 之间）查找 S3 方法，因此，trunk 中的 c77043（于 2019-08-19 提交）默认情况下已关闭。目前可以通过一个内部环境变量来控制，该变量最终会消失，因为依赖于此类中间搜索路径查找既不安全又低效。这似乎是一个重大更改：但事实上，CRAN 常规检查已在一年多前关闭了中间搜索路径查找，并且所有源于此更改的检查问题早已消除。类似地，Bioconductor 将在即将发布的 3.10 版中为其软件包添加所有缺少的 S3 方法注册。